Perkembangan sektor perikanan yang tumbuh sangat pesat. Pertumbuhan tersebut menuntut peningkatan sumberdaya manusia di sektor ini. Kesadaran masyarakat akan produk perikanan yang sangat penting memicu peningkatan permintaan produk perikanan di masyarakat. Selama ini sektor perikanan bertumpu pada perikanan tangkap. Sumberdaya tersebut terus menurun akibat laju eksploitasi yang tinggi.
peningkatan ketersedian produk perikanan harus ditingkatkan salah satu kebijakannya yaitu peningkatan sumberdaya manusia di bidang perikanan budidaya terutama perairan tawar. Kabupaten Aceh Tengah yang memiliki pontensi sumber daya perairan berpotensi sangat besar untuk melakukan pembangunan perikanan, maka dari itu pemangku kepentingan dan unsur masyarakat merekomendasi Yayasan Gajah Putih Takengon untuk membentuk program studi terkait.
Program Studi Budidaya Perairan pada Lingkup Fakultas Pertanian Universitas Gajah Putih, didirikan pada tanggal 18 juli 2008 berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan Nasional RI Nomor 144/D/0/2008. Seiring dengan terbentuknya Universitas Gajah Putih yang sebelumnya Merupakan Sekolah Tinggi pertanian Gajah Putih.